第一步：肌肉松弛訓練。在系統脫敏療法中，肌肉能否放松是治療成功的關鍵。患者要先收緊身體各部分的肌肉，然後逐漸放松，直到全身完全放松為止。因此在進行治療之前醫生要對患者進行基本的指導及訓練，讓患者想象自己置身於一個輕松愉快的環境之中。
第二步：劃分焦慮等級。根據病人產生焦慮程度的不同，心理醫生幫助病人按輕重順序排列，並讓患者做出自評及焦慮標準測驗等。
第三步：按排列出的焦慮等級進行脫敏訓練。醫生向病人描述最低能引起焦慮的情景，並要求病人想象自己是處於這種情景中，同時進行訓練。也就是說讓病人在這一等級的焦慮刺激下反復訓練，至病人能在這種焦慮情景中保持松弛為止。待其不再出現焦慮，或焦慮程度大大降低時，再進行下一個更高等級的焦慮訓練。如果在某一等級的焦慮情景中無論如何也不能松弛下來，則可以再退回原來的低一等級重新進行訓練。當病人訓練到想象最可怕的情景也能保持放松時，系統脫敏治療即為成功。
行為治療系統脫敏法每3～4天進行一個等級的訓練，每次治療約30～40分鐘。但由於個體差異及人為的原因有時脫敏療法也可能失敗。原因如下：
（1）放松訓練不成功，病人不能松弛自己身體的各個部分。
（2）焦慮情景的等級劃分不當，等級之間差別太大。
（3）醫生對病人治療前的訓練及提供想象的線索不對。
一般情況下，只要注意以上三方面情況，脫敏療法治療的有效率將提高很多。
