慢性攝護腺發炎根據病史、症狀、直腸指診、攝護腺液檢查等一般診斷並不困難，但對症狀復雜、體征不典型者應與下列疾病相鑒別。
(1)攝護腺膿腫 大多數為急性細菌性攝護腺發炎的並發症，多發生在50-60歲，半數病人有急性尿瀦留，尿頻，排尿困難，直腸不適，尿道流膿，有的伴有附睪炎。直腸指診攝護腺病側增大，觸之軟，有波動感。偶爾攝護腺膿腫可自然向尿道破潰，也可向直腸破潰，被誤認為直腸周圍膿腫。
(2)攝護腺結石 指發生在攝護腺腺泡內和腺管內的結石。與攝護腺慢性炎症，攝護腺液瀦留，腺管狹窄，代謝紊亂等因素有關。無機鹽如草酸鈣、磷酸鈣、磷酸鎂等沉積在攝護腺腺泡內的淀粉樣本，上皮細胞和炎性滲出物上形成結石，患者可表現有慢性攝護腺發炎的各類症狀，但直腸指診檢查可捫及攝護腺有結石摩擦感，骨盆X線在恥骨聯合區一側有陽性結石影，超聲波檢查可在攝護腺結石部位出現強光帶，並有聲影。
(3)攝護腺結核 症狀與慢性攝護腺發炎相似，但常有泌尿系結核或其他部位結核病灶的病史，直腸指診檢查攝護腺呈不規則結節狀，附睪腫大變硬，輸精管有串珠狀硬結，攝護腺液結核桿菌直接塗片或PCR檢測有結核菌。
(4)攝護腺癌 晚期可出現尿頻、尿痛、排尿困難等症狀，但患者常有消瘦、乏力、貧血、食慾不振等明顯全身症狀、直腸指診攝護腺有堅硬如石的腫塊，表面高低不平，血清攝護腺特異抗原及攝護腺酸性磷酸酶增高。攝護腺穿刺活檢可發現癌細胞，超聲波檢查可見腺體增大，邊界回聲不整齊或有缺損，內部光點不均勻，癌腫部位有較亮光點或光團，CT檢查可見攝護腺形態不對稱，若腫瘤向包膜外浸潤，可見精囊和膀胱後壁的組織間隙消失。CT可確定攝護腺癌的浸潤程度。
(5)恥骨骨炎 臨床上常表現為慢性攝護腺發炎的症狀，但直腸指診及攝護腺液檢查正常。主要特征是恥骨聯合處有明顯壓痛，攝骨盆X線片示恥骨聯合間隙增寬大於10毫米，雙側恥骨上支水平相差大於2毫米，恥骨聯合邊緣不規則，出現侵蝕和反應性骨硬化。
