前例腺炎的藥物治療主要是緩解症狀，達到治療的目的。如果攝護腺發炎是有細菌感染引起的，可以用抗生素治療。中山大學·孫逸仙紀念醫院泌尿外科主任醫師郭正輝表示，如果攝護腺發炎不是由細菌感染引起，抗生素對治療效果不大。最常用的三種藥物是抗生素、α-受體阻滯劑和非甾體抗炎鎮痛藥，其他藥物對緩解症狀也有不同程度的療效。
抗生素：治療維持4—6周
目前，在治療攝護腺發炎的臨床實踐中，最常用的一線藥物是抗生素，但是隻有 5%左右的慢性攝護腺發炎患者有明確的細菌感染。根據細菌培養結果和藥物穿透攝護腺包膜的能力選擇抗生素。常用的抗生素是氟喹諾酮類藥物，如環丙沙星、左氧氟沙星和洛美沙星等。抗生素治療至少維持 4-6 周，其間應對患者進行階段性的療效評價。療效不滿意者，可改用其他敏感抗生素。
α-受體阻滯劑：療程在12周以上
α-受體阻滯劑能松弛攝護腺和膀胱等部位的平滑肌而改善下尿路症狀。郭正輝醫生表示，推薦使用的α-受體阻滯劑主要有：特拉唑嗪、阿夫唑嗪、多沙唑嗪、坦索羅辛和萘哌地爾等。治療中應注意該類藥物導致的眩暈和體位性低血壓等不良反應。療程至少應在 12 周以上。
非甾體抗炎鎮痛藥：主要是緩解疼痛
非甾體抗炎鎮痛藥是治療攝護腺發炎相關症狀的經驗性用藥。其主要目的是緩解疼痛和不適。
對合並抑鬱、焦慮的慢性攝護腺發炎患者，根據病情，在治療攝護腺發炎的同時，可選擇使用抗抑鬱藥及抗焦慮藥。
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