胎盤血液循環建立起來後，病毒能夠通過胎盤的血液循環侵略到胎兒體內。這樣或許引起的變形包含宮內發育緩慢，胎兒或許有先心病、兔唇、神經管變形等嚴峻生理缺點。生殖器皰疹病毒還能夠阻止胎兒的健康發育，胎兒沒有比及出世便已經在子宮內逝世。約有對折的胎兒在感染生殖器皰疹病毒後在懷孕前期流產。
約有百分之五十以上的新生兒，在產婦臨產時被感染。胎兒通過產道後，孕媽媽產道內的體液會有很多的生殖器皰疹病毒，病毒進入胎兒體內後就會被感染。這種情況下的感染，新生兒的症狀比子宮內的感染更嚴峻，新生兒會呈現水皰，水皰很快潰爛紅腫，形成全身性的感染。嬰兒呼吸困難，體溫能夠達到四十度左右，約有一半的新生兒在感染後逝世，幸運存活的胎兒中，百分之八十以上留有神經系統的後遺症。
當生殖器皰疹侵犯到胎兒的大腦、脊髓等中樞神經系統，胎兒能夠呈現神經管變形或逝世。胎兒或許會發作頭圍小於正常值，出世後智力低下、日子不能自理。
所以說患有了生殖器皰疹必須盡快的到正規的醫院進行檢查然後了解自己的病情，積極的配合醫師的治療效果才會好，日常生活中也要注意飲食等因素。
